Poco después, el 14 de julio, Évariste fue arrestado de nuevo junto con un grupo de republicanos que querían organizar una manifestación. El cazador llevaba su antiguo uniforme de la Guardia Nacional —ahora proscrita—, varias pistolas y un mosquetón, por lo que no fue difícil enjuiciarlo.
El 3 de diciembre, fue confirmada una sentencia de 9 meses en prisión para Évariste. Además, varios miembros de la Sociedad fueron arrestados o recibieron extensiones a sus sentencias. Todos ellos habían publicado docenas de artículos en los que defendían su programa: sufragio universal, libre acceso a todos los cargos públicos, libertad de prensa, tributación proporcional.
Évariste permaneció encarcelado de una forma u otra hasta abril de 1832. En la cárcel de Sainte-Pélagie intentó suicidarse, pero fue detenido por sus compañeros. Su madre nunca lo visitó, pero su hermana lo acompañó constantemente. Continuó su investigación y escribió un prólogo a sus mémoires que no fue publicado con ellas ya que se consideró
demasiado oscuro y lleno de dolor.
En este, criticó el egoísmo y competitividad en la ciencia, que impedían la libre distribución del conocimiento.
En la primavera de 1832, una epidemia de cólera estalló en Francia, y algunos prisioneros de Sainte-Pélagie, incluido Évariste, fueron transferidos a una clínica. Ahí, Évariste se enamoró de la hija de uno de los doctores, pero no fue correspondido. Esto lo afectó profundamente.
Cuando salió de la cárcel, Évariste estaba devastado, también incapaz de encontrar en el amor aquello que la Academia le había negado. Ahora, la única presa que le quedaba estaba en la política, a la que se dedicó por completo.